A história das Santas Casas de Misericórdia é um tanto obscura e perde-se na noite dos tempos. Há registros que dão aos Cavaleiros de São João do Hospital essa primazia. Parece que foram esses cavaleiros cruzados que fundaram os primeiros hospitais filantrópicos do ocidente. Evidentemente não com esse nome, mas com o mesmo propósito que norteia essas entidades até os dias de hoje: oferecer cuidados médicos à população carente em geral. 
Foi para isso que São João, o Esmoler, fundou o Hospital de Jerusalém, na época da Primeira Cruzada, e deu origem à Ordem dos Hospitalários, hoje conhecida como Ordem dos Cavaleiros de Malta. Muitas das atuais Santas Casas de Misericórdia tiveram sua origem em hospitais fundados por essa Ordem. Entre elas podemos citar as Santas Casas de Braga, Évora, Santa Maria da Vitória na Batalha e Proença Velha, entre tantas outras que ainda hoje servem à população de Portugal. 
No Brasil, a primeira Misericórdia foi fundada em 1534, na vila de Santos, por Tomé de Souza. Em 1560, foi fundada a Santa Casa de São Paulo. Durante o período colonial, as Misericórdias, sempre ligadas à Igreja, eram os únicos hospitais existentes nas povoações brasileiras.  Hoje elas ainda respondem pela metade dos serviços médicos e hospitalares prestados pelo estado português e no Brasil esse percentual está próximo de 42 º, segundo a Confederação Brasileira das Santas Casas de Misericórdia..
As Santas Casas são um grande negócio para o governo. Como se sabe, as verbas repassadas pelo SUS para custeio dos serviços por elas prestados não chega a cobrir 60% desses custos. O resto é provido (quando é) por serviços voluntários prestados pelas Irmandades que a administram e por ações comunitárias das populações por elas servidas.  
Isso explica porque a maioria delas vive com dificuldades financeiras e algumas simplesmente faliram ou fecharam suas portas. Outras sofreram intervenção das prefeituras locais que passaram a administrá-las. Essa é pior parte desse negócio. Se algumas das Santas Casas são mal administradas pela iniciativa privada, nas mãos do poder público ficam bem pior. Pois se o modelo administrativo dessas entidades é falho (entregue a pessoas voluntárias sem qualquer preparo nesse tipo de administração), nas mãos do poder público elas geralmente são usadas única e exclusivamente com fins políticos. Além do que, perdem a finalidade que está na raiz dessas instituições e alijam a participação da comunidade, que é o que fornece a força que lhes dá subsistência.
O governo do ditador Oliveira Salazar, nos anos quarenta, nacionalizou todas as Misericórdias de Portugal. Dez anos depois teve que devolvê-las á comunidade. Todas estavam quebradas. Isso deveria servir de lição para os administradores públicos. É muito mais produtivo ajudar (e não atrapalhar) quem quer fazer do que se meter a fazer o que não sabe. As prefeituras que fizeram intervenção que o digam. Estão aprendendo que é mais difícil tirar a mão da cumbuca do que colocar. E quando conseguem, ela nunca sai ilesa.