União São João, Anos 2000 Década de poucas felicidades

Em 2002, num Campeonato Paulista disputado somente por equipes do interior, o União São João fez bela campanha e chegou até a final, onde perdeu o título para o Ituano, ficando com o vice-campeonato. Depois disso viriam anos difíceis para a Ararinha. Em 2003, depois de escapar do rebaixamento no Paulistão, o União termina o Brasileirão da Série B em último lugar e é rebaixado para a Série C. Em 2004, na disputa do Paulistão o União protagoniza algo inusitado: mesmo terminando o campeonato com apenas 1 ponto ganho, o time não é rebaixado para a Série A2, pois o Oeste de Itápolis foi punido com a perda de 12 pontos por escalação de jogadores irregulares. Em 2005, depois de 18 anos na elite paulista o União é rebaixado para a Série A2. Em 2006, chegou a Segunda Fase da Série A2, mas não conquistou o acesso, fato esse que se repetiu em 2007, 2008 e 2009.